世紀末覇王誕生！誰もがこの戦いを待っていた。

国連Ｇ対策センターは、ゴジラ飛来に備えてメカゴジラの開発に着手。対Ｇ精鋭部隊・Ｇフォースを組織した。

一方、ベーリング海・アドノア島に出向いた国立生命科学研究所の調査隊は、巨大な翼竜ラドンとゴジラに遭遇。島にあった卵を持ち帰るが、誕生したのはベビーコジラだった。

ゴジラは四日市に上陸。Ｇフォースはメカゴジラで出撃した。だがメカゴジラは、ゴジラの圧倒的パワーの前に敗北。ゴジラはベビーのいる京都の研究所を襲撃するが、細胞保存室のベビーを感知できずに大阪湾へ去る。

Ｇフォースはベビーを囮にゴジラを誘い出す作戦を決行。再び激突するゴジラとメカゴジラ。メカゴジラは戦闘機ガルーダと合体。スーパーメカゴジラとなった。

本作ではラドンが復活。Ｇフォースの設定はこの後、第22作目まで引き継がれていく。