巨大化したエイリアンと、勇敢に戦う姿を目撃せよ。

ゴジラが根室市に出現。ゴジラ予知ネットＧＰＮの篠田雄二は、娘のイオ、雑誌『オーパーツ』の記者・一ノ瀬由紀とともにゴジラに接近する。やがて日本海溝で強い磁力を帯びた岩塊が発見。

危機管理情報局ＣＣＩの宮坂四郎は、新エネルギー資源の可能性を見出し、局長の片桐光男に引き上げを進言する。だが岩塊は作業中に浮上。岩塊の内部には地球外生命体が存在するものと推測された。

ＣＣＩと自衛隊は、新兵器フルメタルミサイルでゴジラを攻撃する。やがて岩塊は動き始め、ＵＦＯとなって新宿に飛来。

エイリアンの目的は、地球を自分たちに適した環境に作り替えること、ゴジラの細胞内に秘められたオルガナイザーＧ１から失った肉体を取り戻すことだった。

本作からゴジラのデザインを一新。ＵＦＯのエイリアンが怪獣化した姿は「オルガ」と呼ばれる。