超翔竜メガギラスが三段進化、ついにゴジラ消滅！？

1954年にゴジラが東京を襲撃。大阪に首都が遷った。日本政府はゴジラを消滅させる「対Ｇ兵器」、ディメンション・タイド(ブラックホール砲)を開発。

その試射によって時空の亀裂が発生し、太古の巨大昆虫メガヌロンが現れてしまう。卵からかえったメガヌロンは大繁殖して人間を襲い、渋谷の地下水脈が崩壊した。

メガヌロンは羽化して成虫、メガニューラになると群れを成して飛行し、奇岩島でゴジラに襲い掛かった。メガニューラの大群は、ゴジラとの戦いとディメンション・タイドにより壊滅。

だがその生き残りは渋谷に舞い戻り、水底で眠る巨大メガヌロンにエネルギーを与えた。やがてお台場に上陸するゴジラ。その前に超翔竜メガギラスが飛来する。

独立世界で構成されたミレニアムシリーズ。多様に変化する古代の巨大昆虫がゴジラと戦う。