バイオテクノロジーが生んだ、「超ゴジラ」登場！

ゴジラ襲撃から一夜明けた新宿で、米国のバイオ企業、バイオメジャーが密かにゴジラ細胞を採取。自衛隊と銃撃戦になるが、ゴジラ細胞はサラジア共和国の工作員が奪い去った。遺伝子工学の権威、白神博士の研究所でゴジラ細胞の実験中、バイオメジャーは研究所を爆破。博士は最愛の娘を失う。

5年後、三原山で再びゴジラの活動を確認。政府は核を制御する抗核バクテリアの開発を進め、白神博士に協力を仰いだ。間もなく芦ノ湖に巨大なバラのような怪物が出現。それは博士が亡き娘の細胞を含んだバラと、入手したゴジラ細胞を融合させて生み出したビオランテだった。
一方、バイオメジャーによって三原山は爆破。ゴジラが復活し、芦ノ湖を舞台にビオランテと対決。

前作より5年後に復活。本作によって平成シリーズのフォーマットが確立された。