84年の『ゴジラ』の続編。自己再生能力と核エネルギーを吸収するゴジラの細胞＝Ｇ細胞の争奪戦、そのＧ細胞とバラの細胞を融合させたバイオ怪獣・ビオランテの登場、三原山火口を爆破してゴジラを目覚めさせようとするテロリストたち...
奇想天外ともいうべきプロットは、一般公募で当選した小林晉一郎のストーリーをもとに、『ヒポクラテスたち』(80年)で高い評価を得た大森一樹監督がまとめたもの。ちなみに小林は、元祖バイオ怪獣ともいうべきレオゴンが登場する「帰ってきたウルトラマン」第34話「許されざるいのち」の原案者でもある。
また、特技監督は、平成ゴジラシリーズをその後牽引していく川北紘一となり、スーツアクターは前作に引き続き薩摩剣八郎、ビオランテの造形は品田冬樹が担当。
大森一樹による演出は、ハリウッド・アクションもかくやのスピーディーなものとなり、それまでの怪獣映画へのリスペクトを込めつつ、平成のゴジラ映画を確立することとなった。